Effektuppföljningens syfte är att ge underlag för bedömning av kalkningens kemiska och biologiska måluppfyllelse, planering av kalkningen på kort och lång sikt och optimering av kalknings- och biologiska återställningsinsatser. Effektuppföljningen sker i form av vattenkemisk och biologisk uppföljning. Den vattenkemiska uppföljningen utgör basen i effektuppföljningsprogrammet. Uppföljningen av biologin syftar till att komplettera den vattenkemiska uppföljningen framförallt i områden där det vattenkemiska resultatet är osäkert samt att följa upp resultat av biologisk återställning. Den biologiska uppföljningen sker i form av nätprovfiske, bottenfaunaundersökningar och elfiske.